在米西迪亞,城主已等候多時,在眾人虔誠的祈禱下,傳說中的奇跡月亮飛船大鯨終於出現了。去月球之前,如持有在地底世界取得的道具(ネズミのしっぽ;Rat),到地上的小島(アダマンとうのどうくつ;Grotto Adamant)換取硬石(アダマンタイト;Adamant),再回到地底世界的東南角小村(かじャのククロのいえ;Kokkol,the Smith's),將硬石交給裏屋睡覺的老板,他會將塞西爾的武器傳說之劍(でんせつのつろぎ;Legend)改造成王者聖劍(エクスカリバ－;Excalbur)。
來到月亮神殿,月亮老人福索雅向眾人說明了一切:福索雅的哥哥建造了飛船大鯨,乘其來到地球,並和一地球女孩相愛,生下兩個男孩,其中之一就是塞西爾。魔鬼熱姆斯一心想消滅地球人,當年被月亮老人福索雅和他哥哥聯手擊敗,如今被八顆晶體封印在地下長眠,但他邪惡的意念一直未停止活動。他控製了高貝茲的神智,利用他收集地球八顆晶體,目的是為了激活巴貝爾塔內的巨型機器人,消滅地球的生命。時間緊迫,眾人急忙趕回地球,可已經晚了一步,巨型機器人已經複活,並大肆進行破壞,地球已經到了生死存亡的關鍵時刻。此刻地底世界的吉歐特國王率領坦克部隊,斯德集合了巴倫所有的飛艇,一起對機器人展開圍攻,無奈機器人裝甲堅厚,攻擊不起作用。塞西爾乘飛艇從巨型機器人的口部進入機器人體內,途中遇到高貝茲的四魔將聯手攻擊。機器人心髒部位是中樞CPU,十分厲害,關鍵是將前麵加HP的小球消滅後集中攻擊其主體,將其消滅後,機器人終於癱瘓了。
高貝茲氣急敗壞地闖進來,大罵眾人破壞了他的計劃。月亮老人用魔法使高貝茲恢複了神智。令人震驚的是他竟然是塞西爾的親弟弟,塞西爾此時心中的痛苦可想而知,把頭扭過去不予理睬。高貝茲見此痛悔交加,一定要回月球找熱姆斯算帳,月亮老人怕他有失也一同跟了回去。塞西爾知道月球之旅十分危險,命令羅莎和蕾迪亞留在地球,羅莎剛要抗議,蕾迪亞一使眼色,二人退了下去。飛船抵達月球,兩位小姐不知從何處又鑽了出來,原來她們偷偷躲在船內根本沒離開,還有什麼危險能拆散塞西爾與蘿莎這對生死戀人呢?
最終之戰前,先回巴倫城內收服巴倫國王的化身:召喚獸奧丁大帝(オ－ディン;Odin)。在月球的巴哈姆特山洞(げんじゅうしんのどうくつ;Cave Bahamut)可收到萬獸之王:神龍巴哈姆特(バハム－ト;Bahamut)。這可是SQUARE神話世界的最強神龍,還記得讓你我廢寢忘食的SLG精品《聖龍戰記》(Bahamut Lagoon)嗎?
來到月亮神殿,月球老人和高貝茲進入封印地穴很久了,在地穴深處有勇士們的最強裝備,敵人也異常凶猛。一路拚殺到達地穴深處,月亮老人、高貝茲和熱姆斯正在激戰,二人同時使出流星魔法,熱姆斯終於倒下了。眾人正在興高采烈慶祝之際,沒想到死亡並未消滅熱姆斯,相反卻激發了他的無比仇恨,他的仇恨化作一隻巨大的怪獸,將眾人卷入無窮的黑暗之中。地球上米西迪亞城主率眾不住祈禱(好象RPG打大鬼都要祈禱,記得有一首英文搖滾You need a Pray的歌,看來Pray對老外還真管用),五位勇士終於站了起來,塞西爾從高貝茲手中接過一塊晶體,擊碎了熱姆斯的外殼,接下來就要看玩家的本事了。
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