在大航海時代4加強版中增加了不同主角在遊戲中的差別，讓我們來看一看有何差別吧。
拉斐爾：作為正統主角，除了開始遊戲前可以選擇3項得意的技能外，完成同行公會的委托時可以獲得比其他主角更多的金錢，有時還可獲得市場占有率。此外，軍事投資所需的資金也比其他主角少2成。
麗路：麗路在從事貿易時賣出的交易品價格比其他主角高出5%，賣出流行商品時所獲得的勢力值也是其他主角的兩倍！
赫特拉姆：赫特拉姆在海戰勝利後可以將敵人剩餘的艦隻拖回據為己有。每場海戰之後都可以獲得瑞典王室付給的賠償金。
華梅：交易時必須將一部分營業所得作為稅金，因此賣出的交易品價格比其他主角低3%。
伍丁：伍丁時伊斯蘭教徒，不能在旗艦上配置禮拜室，也不能在廣場上分發交易品。但完成同行公會的委托時可以獲得比其他主角更多的金錢，有時還可獲得市場占有率。
佐伯：佐伯杏太郎在海戰中獲勝後可以將敵人剩餘的艦隻拖回據為己有。
蒂亞：蒂亞在遊戲序盤階段依附於艾斯康特軍，每月要交納全部資產的1%，而且不能向頭領勢力發送宣戰布告。另外要注意的是在消滅瑪爾德納德軍之前一定要在新大陸以外的地區存在勢力，否則會因為全部勢力被剝奪而導致GAME OVER。
PS:選用新主角和原始版本主角所獲得的霸者之證也是不同的！
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