Geneious10破解版是一款生物信息軟件,可以幫助大家進行序列比對、序列查看、PCR引物設計,蛋白質結構查看、互聯網協作等多種功能,提高大家的工作效率,同時Geneious的功能都非常的實用和全麵,需要的朋友一定會愛上這款軟件的。
1、先在迷你下載解壓文件,單擊“Geneious_win64_9_1_2_with_jre.exe”安裝圖標,根據屏幕提示逐步進行安裝。在安裝過程中,會有以下提示界麵:按步驟操作“下一步”就可以了,安裝過程如下圖所示:
2、係統顯示安裝協議,如圖所示,請仔細閱讀該協議。選擇“我同意該許可協議的條款”後按“下一步”。
3、係統默認安裝目錄為C:\Program Files\Geneious。用戶按“瀏覽”可以選擇其他安裝目錄。確定安裝目錄後,按“安裝”。
4、確認安裝將在開始菜單中創建名為”Geneious”的菜單項,本係統運行的快捷方式存儲在該菜單中,選擇好後點擊『下一步』:
5、選擇附加任務允許幫助用戶在固定的位置建立快捷方式,方便使用,在需要建立快捷方式的選項前打勾,然後點擊『下一步』:
6、在安裝過程中,安裝程序將以進度條的方式顯示安裝過程,用戶點擊『取消』按鈕可取消整個安裝過程:
7、點擊“安裝”按鈕後,係統將創建安裝目錄,並將係統安裝在該目錄中。圖為係統安裝完成界麵。
1、打開geneious
2、初始界麵如下圖:
3、Alignment可用於比對,tree建樹,assembly拚接。 序列拚接
右鍵點擊local,創建新文件夾,測序公司提供*.abi格式文檔,可直接拖動,或者file-import。 導入完成後結果如圖
4、為了準確可再次導入一個參考序列。
5、選擇需要拚接的序列和參考序列進行assembly,(示例:DTH8和DTH8-13F/R),彈出窗口
6、參考序列為DTH8(自動識別),選擇不要剪切----ok。拚接完成圖
7、按住ctrl,向上滾動鼠標即可放大,與參考序列一致顏色不變
8、與參考序列不一致顏色藍色
9、此時選擇上麵的峰,第一個不一致處,多出一個G,點擊allow editing,光標變為綠色,將其放在consensus上,刪除“-”
10、下麵一行的G則被刪除,序列校正過後再點擊allow editing,如圖
11、下一處不同豎著看--A--A---,選擇A,不需要修改。
整個序列校正完畢後,點擊save
若需要導出序列選擇consensus,全選該序列,點擊file-export-selected documents
分類
NCBI分類學數據庫包含了所有人的名字的有機體,在NCBI基因數據庫表示至少有一個核苷酸或蛋白質序列。
結構
分子模型數據庫(MMDB)包含3D分子結構,包括蛋白質和核酸。內存數據庫包含超過28000種結構。
SNP
遺傳學研究的一個關鍵方麵是將序列變異與遺傳表型聯係起來。最常見的變異是單核苷酸多態性(SNP),大約每100到300個堿基發生一次。由於單核苷酸多態性有望促進大規模的關聯遺傳學研究,最近人們對SNP的發現和檢測產生了濃厚興趣。
PubMed
PubMed是美國國家醫學圖書館的一項服務,它包含了超過1600萬篇從MEDLINE和其他生命科學期刊上檢索到的生物醫學文章的文章。
蛋白
此服務允許您搜索蛋白質序列。在Entrez檢索係統的蛋白質條目已經從各種來源,包括SwissProt,PIR,PRF,PDB編譯,並注明編碼區序列及參考譯文。
popset
PopSet是一個組的DNA序列,已收集到分析一個種群的進化關係。種群可能起源於同一物種的不同成員,或來自不同物種的生物體。他們提交到GenBank的亮片,往往作為一個序列比對
序列
在序列視圖的右邊是一組選項,允許您更改序列的表示方式。從樣本文件/蛋白質文件夾中選擇受體激酶序列。這個序列的長度是543個殘基,所以不可能在一個文本屏幕上顯示所有的氨基酸和注釋。因此,該序列呈現“放大”,以顯示序列及其注釋的概述。注釋可以顯示和隱藏使用 注釋選項。
嚐試拖動選擇(單擊,然後拖動)序列的一個區域來選擇序列的一部分。也可以嚐試單擊注釋(在序列下麵的有色軌道)來選擇注釋所覆蓋的區域。
Geneious將自動檢測格式(在這種情況下,FASTA)問你是否要存儲的序列在一個表或讓他們分開。點擊保存序列分開這次。文件中的文檔將出現在新文件夾中並被選中,顯示文檔表麵板中的文檔和文檔查看器麵板中的數據。
核苷酸
此服務允許您搜索核苷酸序列。Entrez核苷酸數據庫從幾個來源,包括GenBank,RefSeq序列的集合,和PDB。
Geneious 10的特色
通過複製和粘貼,可以將文檔從外部數據庫複製到本地文件夾。複製和粘貼可從編輯菜單中獲得。還可以將文檔直接從文檔表拖到所需文件夾。
文件夾:對齊
此文件夾是本地文檔服務的一部分。這項服務是用於文件永久本地存儲你: • 下載從外部數據庫,如NCBI或聯係人的共享文件夾 • 創建,如調整或建立一個樹從現有的文件 • 進口通過文件->導入
順序查看幫助
序列視圖是一種高度可定製的蛋白質和核苷酸序列、序列比對、循環序列和係統發育樹的查看器。
縮放
序列視圖允許您放大查看單個殘基或縮小以查看整個序列及其所有注釋。控製變焦的按鈕位於順序視圖右邊的選項麵板的頂部。您也可以按住Alt或Ctrl,並將鼠標滾輪向上/向下放大/縮小或ALT點擊放大或Alt Shift點擊縮小。
下載幫助
所選文檔僅為完整文檔的摘要。在進行進一步分析之前,您應該單擊“下載”下載完整文檔。下載完成後,完整文檔將取代摘要。
選擇和編輯
序列查看器中的選擇和編輯非常類似於標準文本編輯和文字處理程序。單擊並拖動以選擇區域。您可以在一個對齊的上下移動來選擇和編輯多個序列。單擊“允許編輯”按鈕進入編輯模式,並允許您通過在鍵盤上鍵入它們來修改殘留物和空白。
現在可以使用“連接到數據庫”按鈕,並輸入詳細信息以開始使用數據庫。如果你的數據庫尚未建立,Geneious將詢問您是否要建立數據庫。為了使其成功,您必須在數據庫上創建權限。
現在已經為您自己設置了數據庫。但是,如果您希望其他用戶使用它,您將需要為每個應該訪問數據庫的人設置數據庫用戶帳戶。每個用戶必須在所有表上選擇、更新、插入和刪除權限。
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