冒險過程中收集口袋妖怪,並且培養其逐漸成長,之間會發生很多事件。主角使用被稱為精靈球的道具,捕捉野生的口袋妖怪,捕捉到的妖怪可以作為夥伴一起冒險。
口袋妖怪珍珠的故事發生在一個新的大陸上,不過遊戲中收錄的口袋妖怪都是來自之前的作品。杉森建表示遊戲開發者們目前正考慮在兩款遊戲中采用嶄新形態的口袋妖怪,並且他們也在考慮設計現有口袋妖怪的新進化形態。雖然兩款遊戲中都不會有新增口袋妖怪,不過可以將兩種口袋妖怪合成為新的口袋妖怪。電影中的口袋妖怪也會在遊戲中出現,並且據稱將會帶給玩家很多驚喜。
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NDS有2個屏幕,下麵為觸摸屏,模擬器裏能用鼠標點擊。
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